Io direi l'Ebola, o il virus dell'Ebola. Probabilmente tenderei anche a scriverlo senza la maiuscola.
Si tratta tecnicamente di un nome proprio, ma perché non viene "comunizzato" come le altre patologie infettive, quali ad esempio l'influenza? Quale decisione determina la mancanza dell'articolo?
A titolo di esempio, giornali scrivono cose come "si teme per la vita della persona X infettata da Ebola ..." (invece che dall'Ebola). Come dicevo inoltre, non è chiaro nemmeno se si debba usare la maiuscola o no.