Come ho scritto nei commenti, la distinzione non è tra i tempi semplici e tempi composti. Le regole per la scelta del tempo nelle subordinate vanno sotto il nome di consecutio temporum (dal latino "successione dei tempi"). Per questa risposta mi concentrerò nel caso di subordinate all'indicativo che esprimono anteriorità.
Secondo la grammatica italiana di Serianni (XIV.55), la regola dice che, per esprimere l'anteriorità:
- Si usano l'imperfetto, il passato remoto, il passato prossimo e il trapassato prossimo e remoto se la principale è al presente o al futuro;
- Si usano il passato prossimo e il trapassato prossimo e remoto se la principale è al passato.
Da notare che l'uso del trapassato remoto è corrente nell'italiano contemporaneo esclusivamente nelle proposizioni temporali (come quelle introdotte da dopo che) (Serianni, XIV.187).
La scelta del tempo tra le varie proposte del prospetto precedente dipende dall'autore e dà semplicemente una sfumatura semantica (per esempio una subordinata al trapassato prossimo darà un senso di anteriorità più marcato che una al passato prossimo).
Vediamo ora le tre frasi della domanda (leggermente parafrasate per renderle più idiomatiche):
Dopo che camminava/aveva camminato per un'ora, non ce la faceva più.
In questo caso la principale è ad un tempo passato (faceva, all'imperfetto), l'imperfetto nella subordinata non è accettabile per cui dobbiamo scegliere aveva camminato.
Un'ora dopo che camminava/aveva camminato non ce la faceva più
Questo caso è completamente analogo al precedente, per cui anche qui la forma corretta è aveva camminato.
Dopo che fa/ha fatto colazione, se ne va.
Qui la principale è al presente, per cui per indicare l'anteriorità va utilizzato il passato prossimo e non il presente: ha fatto.
Finalmente, come dice giustamente egreg nei commenti, la costruzione esplicita è un po' meno idiomatica quando la subordinata ha lo stesso soggetto della principale. Ad esempio, in Serianni, XIV.36.b: "Quando si ha identità di soggetto — grammaticale o logico — il costrutto esplicito è meno comune dell’implicito".
Quindi una versione più idiomatica delle frasi sarebbe:
Dopo aver camminato per un'ora non ce la faceva più.
Un'ora dopo aver camminato non ce la faceva più.
Dopo aver fatto colazione se ne va.