Delle forme proposte:
(La cosa) non è loro chiara
è corretta ma tende a suonare formale, soprattutto se detta a voce, mentre
...non è chiara a loro
oltre a mantenere ancora una certa formalità, pone un po' troppo l'accento su “a loro”, quasi a sottintendere che ad altri invece la cosa è chiara.
Alle forme proposte aggiungo
...non gli è chiara
che fa storcere il naso ai puristi non-linguisti e alle maestre di scuola non aggiornate, ma che in un registro non formale suona più naturale di tutte, e non faceva storcere il naso a Galilei né a Manzoni, a Verga né a Pavese, né a tanti altri maestri della lingua, incluso Migliorini.
Infatti il pronome “gli” è usato spesso anche come “forma atona del dativo plurale maschile e femminile, col sign. di «a loro»: Chi si cura di costoro a Milano? Chi gli darebbe retta? (Manzoni); le belle ragazze di qui non sono degne di portargli le scarpe, a quelle di Napoli (Verga)” (Treccani). Si veda anche la voce “gli” sul GDLI (prima e seconda pagina), con esempi dal Villani fino a Brancati e appunto a Pavese.
Infine si può dire anche
...a loro non è chiara
e anche questa forma è leggermente marcata nell'attirare l'attenzione su “loro”.
Il problema, in generale, è che l'uso di “gli” è mal visto in certi ambiti (e, comprensibilmente, può capitare di evitarlo per non rischiare di sembrare ignorante o dover fare tutta la manfrina che ho fatto qui) e quel che resta è l'unico pronome personale dativo non atono dell'italiano, che quindi non può non sbilanciare tutta la frase in cui compare.
:-)