Converto in risposta un precedente commento.
Entrambe le forme sono corrette: cambia solo la sfumatura che si vuole dare.
Come viene spiegato qui con esempi più approfonditi e, soprattutto, maggiore autorevolezza, “l’opinione più corretta è che la scelta di indicativo e congiuntivo nelle frasi interrogative indirette (...) non obbedisca a una sola regola, ma si adatti a un ventaglio di possibilità collegate (...) a una libera scelta del parlante, svincolata da ragioni di ordine grammaticale, contestuale e perfino di registro”.
Così, negli esempi forniti nel quesito, “se era” lascia intendere una certa familiarità o la quasi certezza che Anna dovrebbe essere già arivata (perché magari rincasa sempre alla stessa ora) mentre “se fosse” sottintende un pizzico di incertezza o di apprensione in più (magari perché Anna abita in un’altra città ed il suo arrivo per una visita è atteso da un momento all’altro).