Sono entrambe utilizzabili ma con scopi diversi.
Se uso il congiuntivo e dico
penso che sia meglio fare così
sto esprimento una mia opinione nel presente e mi riferisco a un qualcosa di sempre vero per me ora.
Se dico invece
penso che sarebbe meglio fare così
sto dicendo che secondo me, in futuro, se mai qualcuno farà qualcosa a riguardo, sarà meglio fare così. La mia opinione rimane, ma si riferisce a una condizione che deve essere ancora soddisfatta.
Il congiuntivo ha un'accezione più netta, il condizionale esprime un'opinione di cui non si è certi. Il condizionale in generale è il tempo dell'incertezza proprio perchè specifica un qualcosa che accadrebbe solo e soltanto in una determinata condizione. Il periodo ipotetico (escluso il primo ovviamente) ne è un esempio lampante:
Se mia nonna avesse le ruote, sarebbe una carriola.
Se la condizione ben definita (guarda un po' col congiuntivo) si verificasse, allora succederebbe che...
Perché ho escluso il periodo ipotetico della realtà? Perché non usa il condizionale. E perché non usa il condizionale? Perché rappresenta qualcosa di certo, reale o molto probabile.
Se l'acqua raggiunge zero gradi, si solidifica.