Mentre si dice normalmente una città d'Italia, suonerebbe davvero bizzarro una città di Germania. A orecchio, città di Francia o di Spagna mi suonerebbero forse affettate, ma non “sbagliate”; con altre nazioni andrei direttamente per la preposizione articolata, con molte eccezioni (vedi più avanti il riferimento a Nicosia).
Altri casi: la regina Elisabetta d'Inghilterra va bene, ma si deve dire il re Filippo del Belgio (sebbene dovrebbe essere, più propriamente, il re Filippo dei Belgi). Tuttavia, Oxford è una città dell'Inghilterra, come Anversa è una città del Belgio. Alla domanda dov'è Oxford/Anversa? risponderei però in Inghilterra e in Belgio. Al contrario, Maputo è una città del Mozambico e si trova nel Mozambico (ma forse anche in Mozambico); Nicosia è una città di Cipro e si trova a Cipro o nell'isola di Cipro.
Dubito che si possa stabilire una regola d'uso della preposizione articolata con i nomi geografici senza dover aggiungere una caterva di eccezioni. Vedi, per esempio, Usage of prepositions "a" and "in" in statements about places and directions
La preposizione di ha gli stessi problemi. Sebbene si dica in Egitto, la locuzione città d'Egitto verrebbe forse intesa come parte del noto modo di dire. Ma il nome della seconda città di quella nazione è, naturalmente, Alessandria d'Egitto.
Altri esempi: Reggio di Calabria e Reggio nell'Emilia sono i nomi ufficiali di due capoluoghi di provincia italiani (ma il sito istituzionale del secondo ha Reggio Emilia).
Riassumendo: non c'è una regola. Questo tipo di problemi va risolto caso per caso, magari tenendo conto dell'eufonia: in Liechtenstein suona meno bene di nel Liechtenstein, almeno secondo le regole eufoniche del toscano che rifiuta certe combinazioni di consonanti.