Il verbo obbedire è quasi identico al latino oboedire. È ragionevole pensare che questa trasformazione si sia avuta prima del passaggio ad ubidire e ubbidire poi. In ogni caso quest'ultimo ha storicamente preso il sopravvento, tant'è che il De Mauro e il Garzanti riportano obbedire come variante (così come le versioni con una sola "b", ma sono davvero poco usate).
In particolare, nella seconda metà del 18° secolo aveva raggiunto una superiorità schiacciante secondo Google Ngram. Ma nonostante i dizionari sopracitati affermino che oggi hanno pressoché la stessa frequenza, il grafico che ho linkato mostra un rapporto di 3 a 1 a favore di obbedire; anche solo cercandoli separatamente su Google, si trovano quasi il doppio dei risultati per obbedire.
Cos'ha causato questa grande inversione di tendenza? Sembra essere un fenomeno iniziato con l'Illuminismo, e poi continuato.