Si può adoperare sia la preposizione in sia la a quando si adopera la frase:
prendere XX prestito (dove al posto di XX puoi usare in o a).
Invece non si usa nella biblioteca ma solo dalla.
A mio avviso, dalla biblioteca indica un complemento di origine quindi bisogna adoperare la preposizione articolata dalla e non nella.
Il risultato finale (le frasi corrette) è:
- Ho dovuto aspettare finora per poter prenderlo in prestito dalla biblioteca.
- Ho dovuto aspettare finora per poter prenderlo ina prestito dalla biblioteca.
