It is ambiguous indeed. This is why context is, as always, of paramount importance.
For example, in
25 Aprile: commemorazione al Cimitero di Guerra degli Alleati a
Trenno
Nel 70esimo della Liberazione, sabato 25 aprile 2015, i Radicali - come ogni anno - si sono ritrovati al Cimitero di Guerra degli Alleati al Parco di Trenno per la commemorazione delle vittime degli
eserciti anglo-americani, che hanno partecipato alla guerra di
liberazione dal fascismo e dall'occupazione nazista in Italia. “
the reference is clearly to the victims among the British and American soldiers.
In another context, this structure can be used to mean victims caused by the armies' actions.
AI trattamenti degradanti si somma il terrore della guerra. Di restare cioè vittime degli eserciti contrapposti senza nessun governo o organizzazione internazionale in grado né di raggiungerli né tantomeno di evacuarli.
I agree with @egreg's comment: I would hardly use this sentence. To avoid misunderstandings, I would use "vittime presso gli eserciti" in the former case, and "vittime civili" in the latter case.