Qui di seguito i miei 2 centesimi, come si direbbe in inglese...
«Alla destra di B c'è A» è terribilmente ambiguo. Non saprei dire se la maggior parte dei lettori prenderebbe la propria destra come riferimento in questo caso oppure no, ma a rigore è specificato che la destra è di B. Personalmente (ma non penso di fare testo) mi baserei, per disambiguare, sulla mia valutazione della precisione di chi scrive, oltre che su altri elementi.
«A destra di B c'è A» è più facilmente interpretabile nel primo modo (cioè nel sistema di riferimento del lettore), perché non c'è l'appartenenza di una cosa (la destra) a qualcuno, bensì la locuzione a destra di, che vale tanto quanto una singola preposizione. Ipotizzo quindi che la maggior parte dei lettori (me compreso) riferirebbe la destra alla propria persona, ma resta comunque un certo grado di ambiguità.
Off topic: Questa domanda mi fa venire in mente la questione del perché lo specchio scambia la sinistra con la destra ma non l'alto con il basso ;-)